Passados mais de 110 anos da edição, pelo governo provisório da República, do Decreto n. 119-A, de 7 de janeiro de 1890, ele ainda não havia sido “regulamentado”, de modo que à separação da Igreja do Estado, com o fim do Padroado, sobrevieram uma série de dúvidas em relação à situação jurídica da Igreja no Brasil. 

Com o fito de sanar essas incertezas e de tratar de temas de comum interesse, a Santa Sé, seguindo seu costume histórico de celebrar concordatas para estabelecer garantias para a Igreja e para os fiéis católicos de um determinado país, diligenciou-se em tentar negociar um acordo bilateral entre as partes, com uma primeira tentativa formal nesse sentido sendo realizada durante o segundo governo do presidente Vargas. 

Pode-se afirmar que os primeiros resultados dessa movimentação diplomática advieram em outubro de 1989, no final do governo Sarney, com a assinatura do “Acordo entre a República Federativa do Brasil e a Santa Sé sobre Assistência Religiosa às Forças Armadas”, cujo escopo era regulamentar a promoção, “de maneira estável e conveniente”, da assistência religiosa aos fiéis católicos que pertencessem às Forças Armadas do Brasil.  

A partir da década de 1990, iniciaram-se os esforços para a concretização de um tratado que regulasse mais amplamente as relações entre o Estado e a Igreja Católica no Brasil. 

Oficialmente, as tratativas que deram origem ao acordo hoje vigente começaram em setembro de 2006. Decorridos dois anos de negociações, o Acordo foi finalmente assinado aos 13 de novembro de 2008, no Vaticano, com a presença do presidente Lula e do Cardeal Secretário de Estado do Vaticano, Tarcisio Bertone. 

O Congresso Nacional brasileiro, por sua vez, aprovou o Acordo em outubro de 2009, por meio do Decreto Legislativo n. 698, de 7 de outubro de 2009. 

Com a devida aprovação pelo Congresso, os diplomatas brasileiros procederam à troca dos instrumentos de ratificação, no Vaticano, em 10 de dezembro de 2009, com o qual o Acordo entrou em vigor na esfera internacional. 

Por fim, no âmbito interno, o Acordo foi promulgado no Brasil pelo Decreto n. 7.107, de 11 de fevereiro de 2010, o que lhe conferiu aplicabilidade, integrando-o plenamente ao ordenamento jurídico nacional.  

A ele não foi atribuído o nome de “concordata”, como rezava a praxe do Direito Internacional Público. Ao revés, o tratado foi batizado de “Acordo entre a República Federativa do Brasil e a Santa Sé, relativo ao Estatuto Jurídico da Igreja Católica no Brasil”. A opção pelo termo “acordo” reflete a nova intelecção da Igreja a partir do Concílio Vaticano II (1962-1965), que fez a denominação “concordata” cair em gradual desuso.