Em 1829, foi aberta a primeira Nunciatura Apostólica no Rio de Janeiro. A Nunciatura brasileira foi a primeira representação diplomática moderna na América Latina. O representante diplomático da Santa Sé no Rio de Janeiro também representava os demais países da América Latina, na condição de Delegado Apostólico. Entre 1829 e 1836, quando foi criada a Nunciatura em Bogotá, o Representante Diplomático no Rio de Janeiro respondia por toda a América do Sul e Central, inclusive as Antilhas. Até 1864, o Brasil se ocupou também da Bolívia e, até 1877, do Paraguai, do Uruguai e do Chile. Em 1901, a Inter Nunciatura Apostólica foi elevada à categoria de Nunciatura Apostólica.
Na virada do século XVI para o XVII, o Brasil contava com cerca de 50 paróquias ao longo de sua costa, o que não necessariamente correspondia às necessidades pastorais da colônia.
Pelos primeiros três quartos do século XVII, o Brasil seguiu dispondo de apenas uma Diocese, em 1676. Naquele ano, o Papa Beato Inocêncio XI (1676-1689) instituiu a primeira Província Eclesiástica do Brasil, ao elevar Salvador ao status de Arquidiocese e estabelecer duas novas Dioceses, sufragâneas a ela, Rio de Janeiro e Olinda. Noano seguinte, 1677, Inocêncio XI criou ainda a Diocese do Maranhão.
Já no início do século XVIII, destacamos a promulgação, pelo Concílio Provincial convocado pelo Arcebispo D. Sebastião Vide, das chamadas Constituições do Arcebispado de Salvador (1707).
Em 1739, foi erigido no Rio de Janeiro, após a obtenção de prévia autorização real, o primeiro seminário do Brasil, Seminário São José (109). A Cúria Romana, entretanto, agiu com cautela, somente reconhecendo a autonomia do novo país e D. Pedro como seu legítimo monarca, após Portugal ter feito o mesmo; o que ocorreu em 1825, mediante o pagamento de uma indenização de dois milhões de libras para compensar os gastos e as dívidas portuguesas com a guerra da independência. Assim sendo, vencida essa precaução diplomática, o Papa Leão XII (1823-1829) reconheceu a independência do Brasil em 1826 e o Papa Pio VIII (1829-1830) designou-nos nosso primeiro Núncio Apostólico, D. Pedro Ostini.